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感染対策向上加算２とは、医師・看護師・薬剤師・臨床検査技師からなる感染制御チームが設置された病院で、新興感染症の発生時を想定した地域連携に係る体制について連携医療機関等と協議を行っており、新興感染症の発生時等には都道府県等の要請を受けて感染症患者／疑い患者の受け入れ体制があり、汚染区域や清潔区域のゾーニングを行うことができます。加算1の医療機関が主催するカンファレンス参加（年4回以上）と、訓練に参加しています。抗菌薬の適正使用を監視するための体制を有しています。