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感染対策向上加算３とは、医師・看護師からなる感染制御チームが設置された病院で、新興感染症の発生時を想定した地域連携体制について連携医療機関等と協議を行っており、新興感染症の発生時等には感染症患者／疑い患者の受け入れ体制または発熱患者診療体制があります。その際に動線を分ける、汚染区域等のゾーニングを行うといった体制があります。加算1の医療機関主催のカンファレンス参加（年4回以上）と、訓練に参加し、抗菌薬の適正使用について、加算1の医療機関や地域の医師会から助言を受けます。